ברצף הגנום של דג יד מנומר

צוות חוקרים בCSIROפיענח את הגנום שלדג מנומר (Brachionichthys hirsutus), מין בסכנת הכחדה חמורה של דגים ימיים אנדמיים לטסמניה.

Brachionichthys hirsutusהוא זן נדיר של דגי קרקע ממשפחת דגי הידייםBrachionichthyidae.

דג יוצא דופן זה חי רק בשפך הנהר דרוונט, טסמניה ואזורים סמוכים; הוא נמצא בדרך כלל בעומקים של 5 עד 10 מ' (16-33 רגל).

תואר לראשונה רשמית בשנת 1804,Brachionichthys hirsutus ישסנפירי חזה מותאמים מאוד, הנראים כמו ידיים ומאפשרים לו ללכת על קרקעית הים.

תזונת המין כוללת רכיכות קטנות, שרימפס ותולעי פולצ'אט.

Brachionichthys hirsutusהואמְסוּוָגכְּמוֹבסכנת הכחדה קריטיתברשימה האדומה של IUCN 2020; מדענים מעריכים שפחות מ-2,000 פרטים נותרו בטבע.

דעיכתו המהירה מיוחסת לשיטות דיג היסטוריות, פיתוח חופי, שינויי אקלים והגעת מינים פולשים.

"רצף הגנום יסייע למאמצים מתמשכים להגביר את מספר האוכלוסייה ולנטר את המגוון הגנטי", אמר חוקר CSIRO Gunjan Pandey.

"הגנום עוזר לנו להבין כיצד אורגניזם מתפקד."

"הוא מספק בסיס להבנת ביטוי גנים בחיי היומיום ומציע תובנות לגבי ההיסטוריה האבולוציונית שלו."

"עם הגנום, אנחנו יכולים לסייע באיתור מינים, לנטר אוכלוסיות ואפילו להעריך את תוחלת החיים של הדג".

"המידע הגנטי העשיר הזה יעזור להבהיר את אסטרטגיית השימור בטווח הארוך", הוסיפה חוקרת CSIRO קרלי דיווין.

"אמצעי השימור מתרחבים וכוללים גנטיקה, הכרה בגישה רב-תחומית לצד מחקר אקולוגי חיונית לשימור יעיל של מינים מאוימים".

"מזנים ימיים כמו דגי היד המנוקדים ידועים לשמצה שקשה לעבוד איתם."

"ה-DNA מתפרק במהירות ומזוהם במיקרואורגניזמים."

"זה הופך את הרכבת הגנום הטהור למאתגרת ביותר."

הצוות הצליח לרצף את הגנום המלא מכמות קטנה של DNA באיכות ירודה, באמצעות מה שנקרא פרוטוקול בעל קלט נמוך.

"אנחנו אחד משלושת הצוותים היחידים בעולם המשתמשים בפרוטוקול זה", אמר ד"ר פנדי.

"התאמנו את כל התהליך - מהקמת המעבדה ועד תוכנת הביואינפורמטיקה - לרצף גנום באיכות גבוהה מ-DNA באיכות ירודה".

"מה שנמשך פעם שישה עד שנים עשר חודשים, אנחנו יכולים עכשיו להשיג תוך ימים. הטכנולוגיה הזו טומנת בחובה הבטחה ענקית להבנתנו ולשימור המינים בסכנת הכחדה ברחבי אוסטרליה וברחבי העולם".